Bachelor-Absolventen in der akademischen Disziplin Biologie sowie verwandten Studienrichtungen steht eine Vielzahl von Masterstudiengängen offen. Diese reichen von Aufbaustudiengängen in allgemeiner Biologie über die Qualifikation für den Schuldienst bis hin zu speziellen Studienrichtungen im Bereich der Lebenswissenschaften. Die Studierenden erwerben dabei in der Regel in einem viersemestrigen Studium, welches mit der Anfertigung einer wissenschaftlichen Abschlussarbeit abschließt, den akademischen Grad Master of Science. Dieser Studienabschluss berechtigt zur Promotion im Bereich der Biowissenschaften.
An Bachelor-Absolventen der Fachrichtung Biologie richten sich die Studienangebote der Universitäten Bochum, Düsseldorf, Gießen, Halle-Wittenberg, Hamburg, Hannover, Karlsruhe, Kiel, Leipzig, München (LMU), Oldenburg, Regensburg, Hohenheim, Tübingen und Ulm, der RWTH Aachen sowie der Technischen Universitäten Braunschweig, Dortmund, Dresden und München.
Wer sich nach Abschluss seines Bachelor-Studiums für den Eintritt in den Schuldienst entscheidet, stößt ebenfalls eine Reihe entsprechender Studienangebote. Zugang zu den Lehrämtern der verschiedenen Schulformen verschaffen die Studienabschlüsse Master of Education (M.Ed.) der Universitäten Bielefeld, Bochum, Flensburg, Hannover, Hildesheim, Kiel, Münster, Trier, Vechta und Wuppertal sowie der Technischen Universitäten Dortmund und Kaiserslautern in Biologie sowie einem weiteren Schulfach.
Neben den Aufbaustudien in allgemeiner Biologie für Wirtschaft, Wissenschaft und den Schuldienst warten deutsche Universitäten wie auch einzelne Fachhochschulen mit einem breiten Studienangebot in spezielleren Biologie-Richtungen sowie interdisziplinären Lebenswissenschaften auf. Auf eine Tätigkeit im landwirtschaftlichen Bereich bereiten etwa die Master-Studiengänge Agrarbiologie der Universität Hohenheim, Landschaftsökologie an der Universität Oldenburg und Agrarwissenschaften der Technischen Universität München vor. Für Absolventen der Bioinformatik dürfte das anknüpfende Master-Studienangebot „Bioinformatik“ der Universitäten Hamburg, Jena, Potsdam, Saarbrücken, Tübingen und der Technischen Universität München in Kooperation mit der Ludwig-Maximilians-Universität München interessant sein. An der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg im Breisgau können sich sowohl Bachelor-Absolventen der Informatik, der Biologie als auch der Bioinformatik für den Master-Studiengang „Bioinformatik und Systembiologie“ bewerben.
Wer sich nach erfolgreichem Bachelor-Abschluss auf Lebenswissenschaften von Menschen, Tieren oder Pflanzen spezialisieren möchte, steht ebenfalls vor einer breiten Auswahl. Mit der Infektions-, der Neuro- und der Tumorbiologie bietet die Universität Marburg die Auswahl aus drei Schwerpunkten innerhalb ihres Master-Studienangebots „Humanbiologie“. Ähnliche Studienangebote bieten die Universität Mainz und die Medizinische Hochschule Hannover mit „Biomedizin“, die Universität Duisburg-Essen mit „Medizinischer Biologie“ sowie die Hochschule Bonn-Rhein-Sieg mit „Biomedical Sciences“ an. Der Studienabschluss im Bereich der Tiermedizin kann im Rahmen eines Master-Studiums der „Animal Biology & Biomedical Sciences“ an der Tierärztlichen Hochschule Hannover erlangt werden.
Ebenfalls in Hannover, allerdings an der örtlichen Universität, werden Master-Studienplätze in „Biologie der Pflanzen“ vergeben. Über das Master-Studienangebot im Bereich der Molekularbiologie und Biochemie verfügen die Universitäten Bremen, Kiel und Potsdam. Die Studienschwerpunkte liegen unter anderem auf Genetik, Gentechnik sowie Human- und Tiermedizin. Mit der Nutzung von Organismen in technischen Anwendungen und Produktionsprozessen beschäftigt sich die Biotechnologie. Einen Master in der interdisziplinären Wissenschaft können Bachelorabsolventen an den Technischen Universitäten Braunschweig und München, der RWTH Aachen, der Hochschule Bremerhaven oder dem Internationalen Hochschulinstitut Zittau erwerben. Einen Master-Studiengang der Pflanzenbiotechnologie bietet die Universität Hannover an.
Die Möglichkeit, einen Master-Abschluss im Bereich der Biologie oder einer angrenzenden Disziplin per Fernstudium zu erwerben, besteht derzeit in Deutschland noch nicht.